扁桃体结石常见清除结石的方法有口腔清洗器消除、棉签刮除等，结石较大可以考虑手术治疗。
扁桃体上存在的小块结石，可以使用氯己定含漱液消除；如果效果不佳，可以前往专业医院使用口腔清洗器来消除扁桃体结石，一般需要将冲洗器压力调到合适的水平，使水流对准结石进行冲洗，直到结石松动，使结石排出。
如果清洗器也不能清除结石，可以在医院就诊，医生会试着使用消毒棉签或刮匙轻轻刮除结石。如果结石较大，影响吞咽功能，经过保守治疗效果不佳的患者，可以考虑切除扁桃体或切开取石术，通常会将较大的结石先取出来，或行扁桃体切除。
扁桃体结石排出来的方法如下：
保守治疗：如果扁桃体结石较小，通常不会出现明显的不适症状，此时可以在医生指导下使用无菌棉签将扁桃体结石轻刮取下，定期使用温盐水漱口帮助清除口腔细菌。同时还需要注意清淡饮食，多食用新鲜蔬菜和水果，避免食用辛辣刺激性食物，避免烟酒等。
手术治疗：如果扁桃体结石较大，常会出现口臭、反复咽痛、吞咽困难、异物感、反复咳嗽等不适症状，此时由于症状较重，通常需要去医院采用扁桃体切除术来消除结石，避免复发。