从数十亿分子中“钓出”新药,这项颠覆性技术

▎药明康德/报道

理查德·勒纳(Richard Lerner)教授是享誉全球的免疫化学大师。这名美国国家科学院、医学科学院、文理科学院三院院士在60多年的学术生涯中做出了诸多突破,并因其在抗体设计领域奠基性的贡献,先后获得沃尔夫化学奖和威廉·科莱奖等知名奖项。

勒纳教授同时也是一位远见者。早在1992年,他就与诺奖得主西德尼·布伦纳(Sydney Brenner)教授提出了使用DNA编码化合物库(DEL),协助新药发现的设想。20多年后,他们领先于时代的设想吸引了业界的广泛兴趣——越来越多的医药企业正在使用DEL技术,进行新药发现。而多个新药分子也已成功浮出水面,进入到后续的临床研发之中。

作为DEL技术概念的最初设想者,勒纳教授对这一转变感到振奋,也同时指出了目前在应用上所存在的短板:“化学家有化合物,但不知道它们能结合什么靶点;而生物学家找到了许多靶点,却不知道什么化合物能够与之结合。”为了打通学术界与产业界的交流壁垒,去年12月,药明康德联合全球多家顶级学术研究机构共同发起了一个叫做DELopen的开放式平台,推进这一颠覆性技术在新药研发领域的应用,勒纳教授出任DELopen科学顾问委员会的主席。谈到这一平台,勒纳教授言语中充满兴奋之情:“这对全球新药发现来说,具有颠覆性的潜力,它将真正释放DEL技术的能量。”

DEL:颠覆性的合成筛选技术

在药明康德的专访中,勒纳教授介绍了DEL技术的原理:“这个技术平台能将遗传物质与小分子药物结合起来,以前所未有的规模进行合成与筛选。通过简单的生物物理方法,我们能对数十亿的分子进行合成筛选的工作。”而这有望大幅加速新药发现的进程。

▲DEL化合物库的一个标准生产路径(图片来源:DELopen官方网站)

“具体来看,每一个小分子化合物都会通过共价的方法,连上一个独特的DNA片段,”勒纳教授解释道:“(通过筛选,)对特定的靶点具有高度亲和力的小分子会被洗脱下来,然后与之相连的DNA片段会得到扩增与测序。由于每一个DNA片段都是独特的,我们可以根据测序结果,推断最初与之相对应的是哪个小分子化合物。”随后,研发人员们会再单独合成这些化合物,用于后续的验证与分析。

综合来看,DEL在新药发现方面具有多个优势:第一,由这种方法产生的化合物库,其规模可突破10亿!第二,后续的筛选过程无需昂贵的特殊仪器,仅需一根试管即可完成;第三,通过DEL技术,我们还可以找到传统方法难以发现的苗头化合物。因此,目前业内人士普遍认为DEL技术是苗头化合物发现过程中,最为快速和经济的方法之一。它也被人称为早期药物发现的一大突破!

▲DEL化合物库的筛选示意图(图片来源:DELopen官方网站)

勒纳教授指出,在短短的几年里,DEL技术的潜力已经得到了多次验证。譬如可溶性环氧化物水解酶抑制剂GSK2236294,RIP1激酶抑制剂GSK2982772,以及PAR2变构配体AZ3451,就都是通过DEL技术高效筛选出的创新分子,它们拥有研发人员们所期望的特性。

革新:发现更多天然新药

在成功案例下,研究人员们并没有就此停下创新的脚步。勒纳教授透露,他的团队最近正尝试为复杂的天然有机分子添加上“DNA条形码”,用于寻找更多天然新药。勒纳教授与合作伙伴们指出,传统DEL技术合成的分子容易出现化学立体结构上的冗余。相比之下,天然分子有着更为丰富的特性。然而也正是由于天然分子的复杂,我们很难通过传统方法对其进行合成。

▲DEL化合物库在学术研究中能快速找到感兴趣的分子(图片来源:参考资料[2])

面对这一瓶颈,勒纳教授团队开发了一种新型连接技术。“通过简单的光照,我们可以将特殊的’接头‘与DNA连到几乎任何化合物上。”勒纳教授说道。利用这一技术,研究人员们能够给复杂的天然产物混合物打上标签,进行新药分子筛选。“我们对胰岛素受体进行了筛选,找到了一个非常有趣的分子,”勒纳教授介绍说:“我们筛选出了一个多环的二甲双胍类似物,它的氮原子位置与二甲双胍中的排列一模一样!这简直不可思议。在过去的文献中,这个天然产物也曾被用来降低甘油三酯和血糖。”

无独有偶,利用这一针对天然产物的DEL文库,研究人员们还找到了一个全新的PARP1抑制剂。这个发现最近在线发表在了Angewandte Chemie杂志上。

未来:突破DEL的瓶颈

在DELopen,勒纳教授出任主席的科学顾问委员会里,有着不少诺奖得主与科学大师。而他们也将发挥所长,协助突破DEL所存在的瓶颈。

DELopen科学顾问委员会成员

(按照姓氏字母排序)

1、Dr.Phil Baran,斯克利普斯研究所教授(The Scripps Research Institute)

2、Dr.Carolyn Bertozzi,斯坦福大学教授(Stanford University);

3、Dr.Raymond A. Dwek,牛津大学教授(The University of Oxford);

4、Dr.Martin Friedlander,斯克利普斯研究所教授(The Scripps Research Institute);

5、Dr.Michael Kaplitt,威尔康奈尔医学院教授(Weill Cornell Medical College);

6、Dr.Roger Kornberg,斯坦福大学医学院教授(Stanford University School of Medicine);

7、Dr.Casey Krusemark,普渡大学教授(Purdue University) ;

8、Dr.David R Liu,哈佛大学Broad研究所麻省理工学院教授(the Broad Institute of Harvard MIT);

9、Dr.Alan Saghatelian,索尔克研究所教授(Salk Institute)

10、Dr.K.Barry Sharpless,斯克利普斯研究所教授(The Scripps Research Institute);

11、Dr.Richard Soll,药明康德高级副总裁(SVP of WuXi AppTec);

12、Dr.Chi-Huey Wong,斯克利普斯研究所教授(The Scripps Research Institute)。

勒纳教授向药明康德介绍说,由于DNA分子带有较多电荷,过去的DEL文库只能在亲水介质中进行合成,因此大大限制了它的应用。而如今,在DELopen科学顾问Phil Baran教授与其合作伙伴Phil Dawson教授的探索下,一种新的分子修饰技术已告诞生。“它能让我们在几乎无水的有机溶剂中进行反应,”勒纳教授说道:“如今,在DEL文库的建立上,我们已经能使用更加复杂的合成化学技术。”

另一位科学顾问,2001年诺贝尔化学奖得主Barry Sharpless教授也在合成方面为DEL技术带来了新的进展。利用亚硫酰四氟化物,他的团队能够将DNA与蛋白质进行连接。勒纳教授点评说,这是一项从未有人使用过的新型化学。

▲DELopen的核心运营模式(图片来源:基因编码化合物库平台)

在科学顾问们的不断推动下,勒纳教授期望DELopen平台“能够连接学术界与产业界,共同推广DEL技术在新药发现领域的广泛应用”。在他看来,产业界将向这个公开平台免费提供DEL化合物库,而学术界则将寻找潜在的成药靶点。在双方积极的数据共享之下,我们能快速而有效地找到有成药潜力的化合物。

勒纳教授指出,由于这些化合物得到了DNA的特殊编码,因此产业界不用担心潜在的知识产权问题。而DELopen平台应用的区块链技术,也将进一步为知识产权提供强有力的保护。而对学术界而言,利用产业界提供的DEL化合物库,研究人员们能从数十亿,乃至数百亿的化合物里对特定的靶点进行有效筛选,寻找新药。“学术界能直接观察化合物是否会影响到疾病模型,就像我们对于胰岛素受体做的筛选那样,”勒纳教授补充道:“你能想象,这会对全世界的新药发现带来怎样的变化!”

后记

作为DELopen平台发起方之一,药明康德向全球研究人员免费提供用于靶点筛选的DEL化合物库,其化合物数量超过了28亿。“我要为药明康德喝彩,他们对下一代的新药发现做出了重要贡献,”勒纳教授说道:“探索生物系统与寻找创新疗法在通常情况下是两回事,但我们如今可以同时进行这些工作。这正是这一卓越合作所带来的变化。”

“患者想要得到更多新药,我们都理解新药发现的重要性。”勒纳教授补充道。在学术界与产业界之间无私的合作下,我们终能释放DEL技术的真正潜力,并通过协助进行靶点验证,筛选潜在化合物,以及理顺构效关系(SAR),为未来的新药发现带来变革,给全世界的病患带来更多创新疗法!

参考资料:

[1] A Conversation with Richard Lerner: DELopen Promotes Worldwide Academic Research Using DNA-Encoded Libraries, Far More Than Just a Numbers Game, Retrieved June 23, 2019, from http://wxpress.wuxiapptec.com/dna-encoded-libraries-lead-to-delopen-far-more-than-just-a-numbers-game/

[2] Peixiang Ma et al., (2019), Functionality‐Independent DNA Encoding of Complex Natural Products, Angewandte Chemie, DOI: https://doi.org/10.1002/anie.201901485

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